A resposta é simples: Não tem diferença!
“Acordeon”, “sanfona” e “gaita” são maneiras diferentes de designar um mesmo instrumento musical. Porém, os nomes dependem da região:
“Gaita” nas regiões do Sul do Brasil (não confundir com a “gaita de boca”), “Sanfona” no Nordeste e interior de São Paulo e “Acordeon” para as demais regiões.
Sanfona é, tecnicamente, o nome de uma classe de instrumentos: instrumentos que possuem fole (aquela parte do instrumento que retrai e expande, feita de materiais como papelão).
O acordeon é a sanfona mais comum para nós brasileiros, mas existem outras como o bandeon. A gaita, quando não é um nome regionalizado, se refere à “gaita de boca”. Acordeon deve ser a maneira mais conhecida, sendo que em inglês é Accordion. Na Itália, país famoso pela fabricação das melhores sanfonas (ou gaitas, ou acordeons) é chamada de Fisarmonica (em alemão: Akkordeon, francês: accordéon e em espanhol acordeón).